Transféré en 1998 au Bayern en provenance de l'autre club Bavarois, le 1860, Jeremies a su se rendre indispensable au sein de la Mannschaft.
Malgré la débâcle de l'Euro 2000, le milieu de terrain du Bayern est resté fidèle au poste et pourrait devenir le cas échéant, le patron de cette nouvelle génération de joueurs allemands.